1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民；
2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇；
3、报销比例不同。
4、有无个人医保账户。
新农合只是一种医疗保障体系，而社保除了医疗保险外，还有养老保险、失业保险、生育保险、工伤保险，所以社保和农村合作医疗的区别还是比较大的。
①缴费标准不同：
社保因为有五险，缴费比新农合高许多。
2018年新农合一年缴费是220元，社保最低缴费也要500元以上，而且工资越高，交的金额就越高。
②报销比例不同：
社保中的医保，主要是用于看病报销，包括住院医疗费报销生育补助以及普通门诊等统筹医疗费的报销。而新农合用的地区不同报销比例也是不同的。若在乡镇医院治疗的话，新农合的报销比例较高；若在市级医院以上的医院的话，社保的报销比例较高。两者都是随医院级别的升高而报销比例降低。例如：社保的医保报销比例一般70％-85％，新农合约50％-70％。
③使用范围：
社保中的医保，可用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。新农合在多个城市只有住院才能报销，少部分城市看病就诊也可报销。
④参保范围不同：
社保只要有正式的工作或在城镇都可参加社保。而新农合，只有农村户口才可以办。
⑤参保年限不同：
社保每月一缴，断缴后次月起医疗无法报销。参保累计满15年，退休后可每月领养老金。参保男性满25年，女性满20年，退休后仍然可享受医疗报销待遇。而新农合是一年一交，只保障一年。
一、形式不同
农村合作医疗：由国家政策牵头，并由当地的政府组织、引导的一种医疗保障体系，一般农民多为自愿加入，不管是小病还是大病都有相应的医疗互助互惠保障。而资金一般由政府补贴、村集体扶持、个人联合缴费的形式，以建立最基本的社会保障形式。
社保：指用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险，一般指为没有劳动能力和没有劳动岗位的人提供社会性的一种福利保障制度。
二、享受待遇不同
农村合作医疗：是在农村必须是农村户口才能参加新农合，当年缴费，次年需再交钱才可以享受新农合。
社保：是覆盖所有单位和职工的，参保人在完成交费年限后便可以终身获得享受。
三、保障力度不同
新农合：基金由于是多方筹资的关系，所以在保障力度上还稍稍欠缺了点。
社保：实行“低水平、广覆盖”的特点，因此一经参保，标准都是统一享受的。
四、缴费方式不同
新农合：个人承担为主，国家会给予一定的补贴。各地标准不一，每年都会在特定的时间收取费用。
社保：分两种，一种是城镇职工社保，即单位和个人各承担一部分;一种是城镇居民社保，自己承担全部费用。
